财政部负责人解释说，需要说明的是，取消农业税，只是取消了专门对从事农业生产取得收入的单位和个人（主要是农民）征收的税种，不能把全面取消农业税简单理解为从此农民不缴税了。根据宪法及有关税收实体法的规定，农民作为公民在生产生活中与城镇居民一样具有依法纳税的义务。比如，农民从事生产经营、日常消费，都要按税法规定缴纳增值税、消费税等相关税收。
为保证减征、免征农业税后基层政权和农村义务教育正常运转，中央和地方财政提供了坚实的财力保障。2000年至2005年中央财政累计安排农村税费改革转移支付资金1830亿元。从2006年起中央财政每年还将安排782亿元财政支出，地方财政也将安排250亿元财政支出，用于支持巩固农村税费改革成果。