“这不是交不交钱的问题，而是方案制定者如何对待人文基础学科的问题。”在包伟民看来，文科不像其他某些学科可以通过招生带来实际利益，文史类基础学科与其他应用学科差异很大，一般都没有项目，就是自己做研究。别的学科招来学生可以帮助做实验、做调查、做项目，但我们基本上是独立研究。
浙江大学社科处处长罗卫东分析认为，人文学科之所以反弹较大，主要是因为人文学科研究生培养模式比较特殊，师生之间更像是传统的师徒关系，老师本来就很少从学生那里得到相应回报，现在又要他们向学校交钱，出现反弹是可想而知的。
包伟民还表示，虽说学校让导师出助研经费的考虑是为了“与国际接轨”，但文史类学科导师补贴钱培养学生的情况却并非国际惯例，“前段时间，美国普林斯顿大学研究生院院长访问我校，我请教他们学校的做法，他说他们那人文基础学科都是由学校给老师补贴钱，没有想到在我们这却倒过来了。”
包伟民说，正是基于这些，所以他不屑于申请“扶植”。综合这些考虑，他最后决定发个声明，“我当然知道政策不会因为抗议而改变，但这是在表明一个人的态度，表明我的不认同。”
引发校内对学术、市场和行政逻辑的争论
包伟民教授的告考生书，在浙江大学内也引起了激烈争论，有多个学科的教师参与进来，而讨论的内容也已远远超出了事件本身。在一个博客上，该校社科处处长罗卫东、经济学院副院长史晋川、经济学院教授叶航等人就展开了一场激烈的论战。
一位教授表示，带学生从来都是学生交费，哪有教师交钱的道理？“这种方式进行下去，师生关系如何处理？会不会导致雇佣关系固定化？因为我招你进来是花了钱的，你就得替我老老实实干活儿！”
叶航教授在肯定改革方向基本正确的同时，对某些具体制度也有类似担忧，他说：“以前许多博导就是老板，这种情况工科特别盛行，学生招得越多干活儿的就越多，现在老师要交钱了，我最担心教师会更加明目张胆地把学生当成打工仔。”
还有些教师则担心这笔钱会转嫁到学生头上，一位不愿意透露姓名的教师表示，在这个方案下，某些学院的大多数教师只会向学校申请“扶植”基金带一个学生，还有极个别的甚至不带学生。如果有几个学生慕名投考，一定要拜在他门下，那这笔费用肯定只能由学生自己带过来，导师不可能帮他出这笔费用。
但罗卫东却不这么看，他认为，学校面临的是资源约束，博士点很多，博士导师很多，在国家出钱的情况下，人人都想多招学生。如何来解决这个现实问题？引入这个“价格机制”是解决资源配置的一种尝试。
浙大的这个改革方案，确实采取了种种措施，对目前社会反映强烈的导师招生过多过滥现象做出了反应，相关文件规定，导师每年招收硕士生一般不超过3名，博士生一般不超过两名，每名导师当年招收的研究生总数最多不超过5名。
史晋川教授也表示，近些年研究生招生规模扩张很大，完全是因为有国家出钱，对导师而言没有约束，让大家都想吃免费午餐，导致培养出来的研究生质量不高。现在想改变这种状况，就得控制导师的招生人数。
他说，很多世界著名大学，有科研经费的导师用自己的经费招收研究生是通行惯例，有的导师经费充足研究生也多。“我曾经访问过美国和英国的数十所大学，基本情况都是这样，现在最要紧的，是相关配套措施的进一步完善。”
这位教授还表示，任何现代大学都有学术、市场和行政三种逻辑在起作用，关键是学术逻辑应当在制度设计中居主导地位。想把3者分开或彻底排斥学术外的其他逻辑，是过于理想化的想法。他认为，当前的大学虽然学术逻辑还未居主导地位，但是肯定比研究生制度改革前有进步。
尽管如此，史晋川仍然表达了自己的担忧——如果学校为人文基础学科仅仅提供扶植申请这一个通道，改革的确是有点过激，“对待这些学科，学校需要设置其他一些减震阀。”
罗卫东也担心，这个方案很难排除那种活动能力强但学术能力一般的导师，因为他们可以争取到许多横向课题，能支付起比较多的学生培养费，但招生就是为了干活儿，导师没有能力和精力指导学术。
有关负责人：现在只做不说
罗卫东和史晋川不约而同地对一些参与讨论却不认真研究方案的老师提出了批评。罗卫东说，这些年的实践告诉我，许多教师没有很好地研究这个方案